Hola, interesante enlace. Yo últimamente estoy haciendo las copias de seguridad con pequeño script (mysqlump, tar y a las unidades de almacenamiento), así como cron. Nombrando correctamente las copias y manteniendo su hash MD5 se pueden gestionar de forma más o menos parecida a cómo ofrece AutoMySQLBackup. Claro que mola mucho más si lo hace uno mismo (o al menos siente ese orgullo de programador jeje).
Si te apetece, pásate por mi blog, suelo escribir sobre el tema. Saludos!